Een groot gedeelte van het gebied van de gemeente bestaat uit water: een deel van het IJsselmeer en een smalle strook Waddenzee langs de Afsluitdijk. In Wûnseradiel zijn verschillende vaarroutes. De route tussen Bolsward en Harlingen is geschikt gemaakt voor kleine jachten. De doorvaarhoogte is op 2,5 m gebracht. Andere belangrijke routes zijn de route tussen Bolsward en Workum en de route via Makkum naar het IJsselmeer. Bovendien gaat een groot deel van de Elfstedentocht door de gemeente.
Makkum heeft een groot aantal ligplaatsen en het is een belangrijke uitvalsbasis voor het IJsselmeer en de Waddenzee. In het kader van het Friese Merenproject worden verschillende werkzaamheden uitgevoerd in Parrega, Tjerkwerd en Makkum.
- Zeiltochten met Hektjalk "De Arend"
De Arend is een prachtige oude zeiltjalk, waarmee u een onvergetelijke, avontuurlijke zeiltocht kan meemaken. Maximaal aantal meevarenden 25 personen. Dag-, middag- of avondtochten naar verschillende bestemmingen mogelijk. Voor meer informatie: www.zeilenmetmichiel.nl
- Bruggen en sluizen
Gedurende de periode: 1 april t/m 31 okt. voor alle bruggen en de sluis in Wûnseradiel, 7 dagen p/w 09.00-12.00, 13.00-16.15 en 17.15-19.00 uur, juni, juli en augustus worden de bruggen en sluizen tot 20.00 bediend. Meer infornatie op www.fryslan.nl.
- Gemeentehaven Makkum
De gemeentehaven van Makkum ligt tegen de dorpskern aan. De 175 ligplaatsen zijn rechtsreeks toegankelijk vanaf het IJsselmeer. In de binnenhaven van Makkum, achter de pittoreske sluis, is plaats voor ca. 25 jachten.
- Friese Merenproject
In de gemeente Wûnseradiel zijn tal van verbeteringen gerealiseerd. De nieuwe voorzieningen in Makkum, maar ook die in de kleinere dorpen Parrega, Tjerkwerd en Allingawier maken het de watersporter een stuk eenvoudiger.
- Ligplaatsenverordening
Het gebeurt regelmatig dat mensen hun boot aanleggen in één van de dorpen op deze routes of in het buitengebied. Deze gasten zijn hier van harte welkom. Maar we krijgen ook met enige regelmaat klachten over boten die heel lang in een dorp of buiten de bebouwde kom liggen. Om dit goed te regelen heeft de gemeente de ligplaatsenverordening opgesteld.